Mark Rothko, en su último estudio neoyorkino, mandó sujetar con poleas lienzos de proporciones gigantescas para poder manipular la luz de una cúpula y comenzar el diseño de su capilla. Este proyecto sería, en palabras del propio pintor, su máximo alegato artístico.
El lugar había sido pensado al principio como una capilla católica. Por lo tanto, sus espacios fueron inspirados en la tradición judeo-cristiana. El tiempo terminó convirtiendo el lugar en un espacio espiritual de culto ecuménico.
El edificio tiene la forma de una cruz griega y fue trabajado en un comienzo por el arquitecto Philip Johnson. Sin embargo, debido a conflictos con las ideas originales de Rothko, Johnson abandonó el proyecto y tuvo que ser terminado por Howard Barnstone y Eugene Aubury.
El principal problema de la capilla de Rothko fue debido a su diseño. La cúpula que el artista había planeado correspondía a las posiciones del sol en Nueva York, y no a las de Houston, en donde sería construida.
Este problema fue agravándose poco a poco, ya que el sol que entraba por la cúpula comenzaba a dañar las piezas y a ocasionar problemas de iluminación y temperaturas. A expensas del diseño original, la administración tuvo que adecuar la cúpula para conservar las piezas y lograr temperaturas aceptables dentro de la capilla.
Dentro de la capilla conviven catorce pinturas realizadas exclusivamente para el sitio, y creadas alrededor de 1964 por el pintor, todas ellas negras. La mayoría de los turistas, algo distraídos, llegan a preguntar por las pinturas incluso al tenerlas en frente.
Para Rothko, estas pinturas eran una forma de hablar al espíritu e invitar a la contemplación. También reflejan sus crecientes preocupaciones respecto a la trascendencia.
La capilla de Rothko fue creada gracias a una comisión de la familia Menil, y se construyó entre 1964 y 1971. Lamentablemente, el artista tomó la trágica decisión de quitarse la vida poco antes de que la obra estuviera completa.